领导机构

　　如其它军事任务一样，用于巡航导弹防御的大部分资金和人力都分配给各军种。然而，各军种互不协调是不可能形成合成的本土防御的，各军种一般更关注前沿地区的防御需要。本土防御需要国防部的联合管理，以及其它联邦政府的各部门间的协调。

　　在国防部内，负责本土巡航导弹防御的领导机构是北方司令部。北方司令部是统一司令部，主要负责本土安全。自2002年建立后，北方司令部一直通过北美航空航天防御司令部制定有效巡航导弹防御的作战需求，它的工作主要是理解威胁、改进多层防御体系中的传感器设施，在各军种的设施间建立作战连接，以及决定追踪和拦截对地攻击巡航导弹的战斗管理要求。这些工作与北方司令部的其它一些任务重叠，但在传感器精确度、武器的灵活性等方面强调特殊需求。他们同样需要与国内一些机构建立紧密协调关系，如联邦航空管理局和海岸警卫队。

　　在发展巡航导弹防御中起中心作用的第二个机构是联合战区空中和导弹防御机构（JTAMDO）。该机构成立于1997年，任务是弹道导弹和吸气式威胁的协调防御行动。根据参联会2001年指示，该机构目前主要负责发展加强本土综合防空的作战概念和技术体系。除支持北方司令部加强北美防空外，该机构同样帮助美国战略司令部发展和部署预防弹道导弹攻击的全球防御系统。总部位于弗吉尼亚北部的五角大楼附近，该机构还为巡航导弹防御的一些项目提供资金。例如，它负责研究联合进行巡航导弹作战识别的方法。但是最重要职能是在各军种和国防机构间建立一个公用网络，尽可能实现无缝工作完成共同任务。

　　国防部内其它负责巡航导弹防御方面的部门包括负责本土防御的助理国防部长、联合部队司令部、国防高级研究计划局和国防情报局。其它起重要作用的联邦机构包括中央情报局、本土安全部（特别是海岸警卫队）、运输部（特别是联邦飞行管理局）和司法部。